清江宁府与今南京市地域大致相同。清初，改明应天府为江宁府，隶属江南省。16６1年，江南省承宣布政使司分置左右布政使司，左布政使司辖安徽，寄治江宁；右布政使司辖江苏，治所苏州。江宁府隶属右布政使司。16６7年，江南省左右布政使司改称江南省安徽、江苏布政使司，江苏、安徽分为两省。1760年，增设江宁布政使司，辖江宁、淮安、徐州、扬州4府。江宁府城即明初都城，管辖江南(江苏、安徽)省、江西省的两江总督署，江宁布政使司署，江宁府署，江宁、上元两县署以及江宁将军署等皆设在江宁府城。江宁府清初辖8县，后辖江宁、上元、江浦、六合、句容、溧水、高淳7县。